Ostatecznie proton pochodzący od jonu oksoniowego przyłączany jest przez atom azotu, tworząc nietrwały kation ulegający izomeryzacji do amidu, odłączający proton z grupy hydroksylowej.
center|700px|Mechanizm przegrupowania Beckmanna
Obliczenia przeprowadzone w obecności jonu hydroniowego i 6 cząsteczek wody dały taki sam rezultat, jednak jeśli migrującym podstawnikiem jest grupa fenylowa, w mechanizmie reakcji oksymu acetofenonu ze sprotonowanym kwasem octowym przybierają one strukturę π-kompleksu.
center|600px|Mechanizm przegrupowania Beckmanna dla oksymu benzofenonu
W reakcji z oksymem cykloheksanonu, wzmożone naprężenie pierścienia daje trzeci mechanizm reakcji, wedle którego kaprolaktam powstaje w jednym etapie, nie tworząc struktury przejściowej π-kompleksu ani σ-kompleksu.
Przegrupowanie Beckmanna wobec chlorku cyjanurowego Przegrupowanie Beckmanna może być także katalizowane chlorkiem cyjanurowym wobec chlorku cynku. Przykładowo z cyklododekanonu otrzymuje się w ten sposób laktam stanowiący monomer w produkcji nylonu 12.
center|600px|Przegrupowanie Beckmanna wobec chlorku cyjanurowego