Jeszcze przed śmiercią elektora prowadził zabiegi dyplomatyczne, których celem było przejęcie terytorium Bawarii przez Austrię.

Prawa Józefa II do Bawarii były właściwie żadne, gdyż zgodnie z prawami dziedziczenia, schedę po Wittelsbachach wilhelmińskich (bawarskich) powinni objąć przedstawiciele rudolfińskiej (palatyńskiej) gałęzi rodu (założycielem obu dynastii byli bracia Wilhelm i Rudolf, którzy w XIV wieku objęli władzę odpowiednio w Bawarii i Palatynacie, dając początek nowym gałęziom rodu – były więc one niejako równorzędne).

Przedstawiciele domu Wittelsbachów bawarskich (wilhelmińskich) nie mieli jednak zamiaru dopuścić do inkorporacji swojej domeny do Austrii, i jeszcze przed 1777 przy poparciu Francji gromadzili dowody na niezaprzeczalne prawa dziedziczne gałęzi rudolfińskiej, reprezentowanej przez Karola Teodora, księcia Palatynatu, Jülichu i Bergu. Okazało się to jednak bez znaczenia wobec ścierania się interesów Prus i Austrii oraz chwiejnej postawy samego Karola Teodora.