Po powrocie do Sydney w Australii Wilkes odwiedził jeszcze Fidżi i Wyspy Sandwich, by powrócić do Ameryki wzdłuż jej północnych wybrzeży. W kwietniu roku 1841 wyprawa dotarła do ujścia rzeki Kolumbia, gdzie stracono jeden ze statkówPeacocka. Po przeprowadzeniu badań dzisiejszej północnej Kalifornii i sporządzeniu map wybrzeży od dzisiejszego San Francisco po Los Angeles flotylla Wilkesa zamknęłaOpływając Horn z zachodu na wschód pętlę wokół Ziemi i w czerwcu 1842 r. przybyła do Nowego Jorku. Tylko dwa statki ekspedycji (Vincennes i Porpoise) pokonały całą trasę; inne trzeba było porzucić po drodze.
Za swoje odkrycia Wilkes otrzymał w 1848 wyróżnienie w postaci Złotego Medalu Królewskiego Towarzystwa Geograficznego (Patron's Medal).
Dalsze losy W chwili wybuchu wojny secesyjnej w roku 1861 Wilkes, dowodzący okrętem USS San Jacinto, zatrzymał na wodach międzynarodowych angielski statek handlowy Trent, aresztując dwóch przedstawicieli rządu Konfederacji. IncydentZnany jako „Afera Trenta” spowodował napięcia w stosunkach międzynarodowych i omal nie doprowadził do wojny z Wielką Brytanią.