W następnych latach utworzono kolejne trybunały, a od 1483 pracami inkwizycji w Hiszpanii kierował spowiednik królowej Tomás de Torquemada (1420–1498), który w latach 1484–1498 wydał szereg Instrukcji regulujących działanie trybunałów inkwizycyjnychHenry Charles Lea: History of the Inquisition of Spain. vol. I, Londyn 1906, s. 145 i nast.; H. Kamen, Inkwizycja Hiszpańska, W-wa 2005, s. 34–47; J. Edwards, Inkwizycja hiszpańska, s. 56–65; L. Biały, s. 23 i nast..
thumb|left|Rycina przedstawiająca zabójstwo inkwizytora Pedra de Arbués. Został on kanonizowany, gdyż jego śmierć uznano za męczeńską. Postać tego inkwizytora była jeszcze w XVII wieku wzorem wiary dla wielu Hiszpanów Działalność inkwizytorów wobec marranów szybko rzuciła strach na tę społeczność. Masowo wytaczane procesy, powszechna praktyka zatajania przed oskarżonym imion świadków, konfiskaty majątków i liczne (choć często ogłaszane zaocznie) wyroki śmierci wywołały silną opozycję nie tylko wśród samych konwertytów, ale także u części „starych chrześcijan”, szczególnie w Aragonii, gdzie postrzegano nową inkwizycję jako instytucję nie dającą się pogodzić z miejscowymi przywilejami (fueros). Wielu konwertytów próbowało odwoływać się do papieża. W rezultacie ich starań Sykstus IV w 1482 wydał dwie bulle potępiające nadużycia inkwizytorów.