Wobec zdecydowanego poparcia dla inkwizycji ze strony pary królewskiej opór ten nie przyniósł żadnych efektów, a dokonane przez marranów zabójstwo inkwizytora Saragossy Piotra Arbuesa spowodowało zmianę nastrojów wśród „starych chrześcijan” w Aragonii. Inkwizycji sprzyjała także niekonsekwentna postawa Stolicy Apostolskiej, która pod wpływem interwencji pary królewskiej często odwoływała lub łagodziła swe interwencje na rzecz prześladowanych, a ostatecznie w 1487 papież Innocenty VIII scedował swe uprawnienia do rozpatrywania apelacji na Torquemadę. Dzięki temu hiszpańska inkwizycja ostatecznie uniezależniła się od Stolicy Apostolskiej, stając się instytucją państwową, choć o religijnym charakterze. W 1492 inkwizycja zainspirowała dekret pary królewskiej o wygnaniu z Hiszpanii wyznawców judaizmu. Masowe chrzty Żydów chcących pozostać w Hiszpanii, do jakich doszło przy tej okazji, doprowadziły do zwiększenia społeczności marranów, która pozostawała głównym obiektem zainteresowania inkwizytorów do około 1530O pierwszych latach hiszpańskiej inkwizycji zob. Henry Charles Lea: History of the Inquisition of Spain. vol. I, Londyn 1906, s. 160 i nast.; H. Kamen, Inkwizycja Hiszpańska, W-wa 2005, s. 47–73; J. Edwards, Inkwizycja hiszpańska, s. 59 i nast.;