W miarę rozrastania się posiadłości hiszpańskich w Europie i na świecie rozszerzał się zasięg działalności hiszpańskiej inkwizycji. Już w latach 1487–1492 utworzono trybunały na Sycylii i Sardynii. Ten pierwszy, począwszy od 1511 roku, prowadził bardzo intensywną działalność przeciwko zamieszkującym wyspę konwertytom żydowskim, wywołując opozycję wśród miejscowych elit. W 1570 utworzono trybunały dla hiszpańskich kolonii w Ameryce. Nie powiodły się natomiast, wskutek opozycji miejscowych społeczności, próby wprowadzenia hiszpańskiej inkwizycji w Neapolu, Niderlandach i MediolanieJ. Edwards, Inkwizycja hiszpańska, s. 118–121; szerzej zob. H. Ch. Lea, The Inquisition in the Spanish Dependencies, Londyn 1922..
thumb|Pedro Berruguete, Święty Dominik przewodniczy auto-da-fé, 1475. Przedstawienia malarskie dotyczyły zwykle tortur oraz palenia na stosie w czasie autos-da-fé. Około 1530 kampania przeciwko marranom praktycznie się zakończyła. Inkwizycja zwróciła wówczas swą działalność w kierunku pilnowania ortodoksji i moralności „starych chrześcijan”. Represjom, na ogół stosunkowo łagodnym, poddane zostały niezbyt liczne środowiska mistyków (alumbrados) oraz zwolennicy niektórych renesansowych prądów umysłowych (zwł. erazmianie), podejrzewani o odchylenia od katolickiej ortodoksji.