Do swych kompetencji inkwizycja zastrzegła także takie występki jak wielożeństwo, molestowanie penitentek przez spowiedników, praktyki magiczne i inne podobne przesądy, a w Aragonii także „sodomia” (tj. homoseksualizm i zoofilia). Nieproporcjonalnie duży odsetek osób oskarżonych o występki przeciwko moralności stanowili cudzoziemcy oraz ludzie zaliczani do „marginesu społecznego”. Liczną kategorię spraw stanowiło tzw. „mędrkowanie” (proposiciones), czyli nieortodoksyjne opinie wygłaszane przez zwykłych katolików, oraz bluźnierstwa. Z wyjątkiem sodomii większość tych występków traktowano bardzo łagodnie, choć sporadycznie zdarzały się wyroki śmierci wobec alumbrados czy osób oskarżonych o czary. W kwestii polowań na czarownice inkwizycja jednak już w 1526 przyjęła bardzo sceptyczną postawę i w większości tego typu spraw uniewinniała podejrzane lub nakładała symboliczne sankcje. W słynnym procesie czarownic w Kraju Basków w latach 1609–1611 inkwizycja, mimo początkowego zatwierdzenia kilku wyroków śmierci, ostatecznie doprowadziła do uśmierzenia masowej histerii wokół domniemanych czarownic. Wydane na podstawie tych doświadczeń regulacje z 1614 w dużym stopniu przyczyniły się do zakończenia polowań na czarownice w HiszpaniiH. Kamen, Inkwizycja Hiszpańska, W-wa 2005, s. 235–260; J. Edwards, Inkwizycja hiszpańska, s.