W historię zwalczania wpływów reformacji w Hiszpanii wpisuje się natomiast proces arcybiskupa Toledo Bartolomé Carranzy, wytoczony mu przez wielkiego inkwizytora Fernando de Valdesa w 1559. Proces ten, naznaczony sporami jurysdykcyjnymi między Hiszpanią a Rzymem, po wielu perypetiach zakończył się uniewinnieniem arcybiskupa przez papieża Grzegorza XIII w 1576Henry Charles Lea: History of the Inquisition of Spain. vol. III, Londyn 1907, s. 411–479; H. Kamen, Inkwizycja Hiszpańska, W-wa 2005, s. 83–100; J. Edwards, Inkwizycja hiszpańska, s. 105–110, 128–129; L. Biały, s. 175–194.. Od 1559 inkwizycja hiszpańska, wzorem Świętego Oficjum w Rzymie, zaczęła wydawać własny Indeks ksiąg zakazanych, często różniący się od rzymskiego. Nie wydaje się jednak, by inkwizycja w Hiszpanii przywiązywała większą wagę do swej roli cenzorskiej, a badania historyczne dowodzą, że gros zakazanej literatury krążyło po kraju bez przeszkódH. Kamen, Inkwizycja Hiszpańska, W-wa 2005, s. 101–130; zob. też L. Biały, s. 242–259..