131–133; Henry Charles Lea: History of the Inquisition of Spain. vol. IV, Londyn 1907, s. 1–247, 316–383; W. Monter, Frotniers of heresy, passim; L. Biały, s. 195–241..
Znacznie surowiej inkwizycja obchodziła się ze stosunkowo nielicznymi w Hiszpanii zwolennikami reformacji. Wykrycie w 1558 wspólnot luterańskich w Sewilli i Valladolid spowodowało błyskawiczną i bardzo brutalną reakcję. W czasie kilku autos-da-fé (aktów wiary) w latach 1559–1562 siedemdziesięciu siedmiu luteran spłonęło na stosie. Wobec przywódców luterańskich odstąpiono nawet od jednej z fundamentalnych zasad działania inkwizycji, polegającej na nie stosowaniu kary śmierci wobec heretyka, który okazał skruchę i nie był wcześniej karany. Egzekucje te spowodowały zduszenie hiszpańskiego protestantyzmu w zarodku. Procesy przeciwko prawdziwym i domniemanym luteranom inkwizycja wytaczała jeszcze przez następne 200 lat, jednak większość oskarżonych o to osób było cudzoziemcami, a po 1562 na terenie Hiszpanii nie wykryto już żadnych zorganizowanych wspólnot protestanckich. Wydaje się zresztą, że większość Hiszpanów oskarżonych po 1562 o „luteranizm” w rzeczywistości nie było protestantami, a zostali tak zakwalifikowani jedynie na podstawie nieopatrznie wygłoszonych poglądów, które w ocenie inkwizytorów korespondowały z poglądami Lutra lub innych reformatorów.