W trakcie kampanii wrześniowej Niemcy dopuścili się szeregu przestępstw i zbrodni na tle antysemickim. W zdobytych miejscowościach Wehrmacht, SS-Verfügungstruppe i Einsatzgruppen nagminnie dokonywały tzw. błyskawicznych pogromów, w trakcie których palono synagogi, rabowano lub rozbijano sklepy, a pochwyconych Żydów bito, upokarzano lub zmuszano do wyczerpującej pracy. Owe pogromy przekształcały się czasami w prawdziwe masakry, w trakcie których ginęły dziesiątki Żydów. Mordy na tle antysemickim miały miejsce m.in. w Będzinie (kilkaset ofiar), Błoniu (ok. 50 ofiar), Dynowie (co najmniej 200 ofiar), Końskich (22 ofiary), Krasnosielcu (ok. 50 ofiar) i Trzebini (ok. 50 ofiar). Do największej masakry doszło w Przemyślu, gdzie między 16 a 19 września funkcjonariusze Einsatzgruppen zamordowali co najmniej 500-600 Żydów.
Większość zbrodni w kampanii wrześniowej realizowana była w ramach operacji Tannenberg (niem. Unternehmen Tannenberg) – w czasie jej trwania, w okresie tzw.