W latach 1928–1932 pracował w Instytucie Badań Technicznych Lotnictwa. W kwietniu 1929 r. mianowany został dowódcą 1 Grupy Lotniczej w Warszawie. W listopadzie 1935 r. został zastępcą dowódcy lotnictwa do spraw dowodzenia. W marcu 1939 r. wraz z generałem brygady Ludomiłem Rayskim został odwołany z zajmowanego stanowiska. Był Członkiem Rady Głównej LOPP.

W latach dwudziestych XX wieku należał do grona bliskich znajomych Witkacego. Znane są co najmniej dwa portrety J.dB. autorstwa Stanisława Ignacego Witkiewicza, ale powstało ich prawdopodobnie znacznie więcej. W korespondencji prywatnej Witkacy nazywał J.dB. „Boren”, „Borejko”, „Borę”. O relacji J.dB. z Witkacym, a także ze sobą w pierwszej połowie lat dwudziestych wspomina także Czajka, która określała go jako „Janusz Deborin”.