Pierwsze tytuły drużyna zdobyła, gdy zespołem kierował trener Karel Kolský. W 1961 r. pieczę nad zespołem przejął Jaroslav Vejvoda i jeszcze w tym samym roku Dukla zdobyła mistrzostwo wyprzedzając 4 punktami drugi w tabeli ČH Bratislava. Ponadto klub dotarł do finału pucharu Czechosłowacji, gdzie pokonał 3:0 Dynamo Žilina i zdobył pierwszą w swych dziejach podwójną koronę. Mistrzostwo w 1961 r. było początkiem mistrzowskiej serii, w której w latach 1961-1964 klub zdobył tytuł mistrza cztery razy z rzędu.
Kluczowy gracz środka pola Dukli, Josef Masopust, wybrany został w Europie piłkarzem roku 1962 po zdobyciu przez reprezentację Czechosłowacji wicemistrzostwa świata w Chile.
W PEMK Dukla w 1962 r. dotarła do ćwierćfinału, gdzie uległa Tottenhamowi Hotspur (1:0 u siebie i 1:4 w Londynie). W 1963 r. piłkarze Dukli drugi raz z rzędu dotarli do ćwierćfinału, przegrywając tym razem z Benfiką (po porażce 1:2 w Lizbonie 0:0 u siebie). W 1964 r. w walce o ćwierćfinał Dukla pokonała szykującego się do wielkiej międzynarodowej kariery Górnika Zabrze (po porażce 0:2 w Zabrzu Prażanie wygrali u siebie 4:1). W ćwierćfinale Dukla niespodziewanie wysoko (0:4) uległa u siebie Borussii Dortmund.