Odniesione zwycięstwo 3:1 w Dortmundzie zatarło fatalne wrażenie z pierwszego meczu, jednak nie wystarczyło do awansu.
O sile Dukli w tamtych czasach może świadczyć fakt, że rezerwy klubu wygrały II ligę czechosłowacką w 1965 r. uzyskując prawo awansu do I ligi. Nie doszło do tego, gdyż według regulaminu rezerwy i pierwsza drużyna danego klubu nie mogły grać w tej samej lidze.
Dukla wygrała swoje ostatnie mistrzostwo w latach 60. w 1966 r. z bilansem: 13 zwycięstw, 7 remisów i 6 porażek, wyprzedzając w tabeli Spartę Praga. W drugiej połowie lat 60. klub trzykrotnie zdobył Puchar Czechosłowacji – w 1965, 1966 i 1969 r. Dukla potwierdziła swoją klasę w Pucharze Mistrzów, awansując aż do półfinału i eliminując po drodze Esbjerg fB, RSC Anderlecht i AFC Ajax. Piłkarzy z Pragi powstrzymał dopiero mistrz Szkocji i późniejszy zwycięzca rozgrywek Celtic Glasgow (3:1, 0:0).
Czołowymi graczami Dukli byli w tym okresie: Ladislav Novák, Svatopluk Pluskal, Josef Masopust, Pavel Kouba, Jaroslav Borovička, František Šafránek i Václav Samek.
Puchar Amerykański W 1961 r. Dukla została zaproszona do Nowego Jorku by wziąć udział w 2. edycji International Soccer League (w Czechosłowacji zwany Americký pohár).