Pod koniec panowania Bolesława Kędzierzawego sytuacja Kruszwicy pogarsza się. Najpierw biskupstwo kujawskie zostaje przeniesione do Włocławka, później panujący na Kujawach Kazimierz I ustanowił w 1252 roku komorę celną na moście. Wkrótce z rozkazu księcia kaliskiego Bolesława Pobożnego w 1271 roku miasto zostało spalone, by te nie wpadło w ręce Pomorzan. Ofiarą zniszczenia padło podgrodzie i wiele innych zabudowań. Od tej pory Kruszwica już nigdy nie podniesie się tak szybko i nie będzie miała taki wpływ na losy Polski jak Inowrocław lub Gniezno.
Upadek Kruszwicy W wyniku układu między Władysławem Łokietkiem a z jego bratankiem księciem inowrocławskim, zawartego w listopadzie 1306 roku ustalono granice ich posiadłości w obrębie kasztelanii kruszwickiej. Kasztelania była też często przedmiotem sporu między Ziemomysłem, Bolesławem Pobożnym i Władysławem Łokietkiem. W roku 1311 sytuacja się ustaliła i odtąd kasztelania była pod wpływem Władysława Łokietka.
W końcu XII wieku terytorium inowrocławskie występuje jeszcze łącznie z Kruszwicą aż do czasu, gdy Bolesław Pobożny rozdzielił Kujawy, które pozostały w rękach Siemomysła, lecz bez kasztelanii kruszwickiej.