Joanna Habsburg (hiszp. Doña Juana de Austria; ur. 24 czerwca 1535 w Madrycie, zm. 7 września 1573 w Eskurialu) – infantka hiszpańska z rodu Habsburgów, regentka Hiszpanii, jedyna kobieta jezuita.
Życiorys Urodziła się w Madrycie, była córką cesarza Karola V i jego małżonki Izabeli Portugalskiej, córki króla Portugalii Manuela I. Joanna nosiła więc, prócz wielu innych, tytuły arcyksiężniczki Austrii, infantki Kastylii i Aragonii, księżniczki Burgundii i Flandrii oraz córki cesarza Świętego Cesarstwa Rzymskiego.
Gdy miała kilkanaście lat, w 1552 roku, poślubiła swojego kuzyna – infanta portugalskiego Jana, następcę tronu Portugalii. Był on jedynym żyjącym synem Katarzyny Habsburg, siostry jej ojca, oraz brata jej matki – króla Portugalii Jana III. Jedyny syn pary, przyszły król Portugalii Sebastian I, urodził się w 1554, kilka tygodni po śmierci ojca, który w wieku 16 lat zmarł na cukrzycę młodzieńczą. Dwa lata po śmierci męża Joanna powróciła do Hiszpanii.
W czasie pobytu jej brata Filipa II w Anglii jako męża królowej Marii brat i ojciec skłonili Joannę, by objęła w jego zastępstwie władzę. W latach 1554–1559 faktycznie rządziła Hiszpanią. Jako regentka Joanna odznaczyła się inteligencją i sprawnością jako kobieta silna i władcza.