Nie wyszła ponownie za mąż i nigdy nie wybrała się do Portugalii, by zobaczyć syna Sebastiana, choć wysyłała do niego listy. Joanna otrzymywała portrety swego dziecka, z których dowiadywała się jak wygląda. Jeden z obrazów, przedstawiający Sebastiana w wieku lat 11, znajduje się obecnie w Convento de Las Dezcalsas Reales, który regentka założyła w dawnym pałacu królewskim (opuszczonym po dokonaniu rozbudowy Alkazaru w Madrycie).

W 1564 Katarzyna Medycejska wysunęła projekt, aby jej syn Henryk Walezy poślubił JoannęS. Grzybowski, Henryk Walezy, Wrocław - Warszawa - Kraków - Gdańsk - Łódź 1985, s. 32..

Joanna jako jezuita 200px|thumb|left|Infantka Joanna Towarzystwo Jezusowe jest jednym z nielicznych zakonów, które nie mają gałęzi żeńskiej. Wynika to z jego charyzmatu, do którego należy ścisłe przestrzeganie posłuszeństwa, dyscyplina i działalność misyjna, często w trudnych warunkach. Święty Ignacy Loyola od początku przeciwny był powstaniu żeńskiej gałęzi Towarzystwa – mimo tego w 1545 roku na polecenie papieża Pawła III przyjął śluby Izabeli Roser i dwóch jej towarzyszek, mające doprowadzić do powstania zakonu jezuitek. Eksperyment ten trwał jednak tylko dwa lata – obawy św. Ignacego sprawdziły się, a w 1547 dzięki staraniom św.