Przebieg bitwy Flota duńska spodziewała się ataku i była dobrze przygotowana. Gdy więc na okręty doszła informacja z punktów obserwacyjnych na wyspie Amager, że nieprzyjaciel zbliża się obchodząc z dwóch stron wysepkę Saltholm, Duńczycy podnieśli kotwice z zamiarem rozbicia eskadr hanzeatyckich kolejno.
Pierwsza, obchodząc wysepkę szerokim łukiem od wschodu, zjawiła się pod Kopenhagą eskadra Hoyera. Flota duńska zaatakowała ją wszystkimi siłami. Duńczycy, znający doskonale płycizny i mielizny cieśniny, zaczęli tam właśnie spychać okręty przeciwnika, tak, że po niedługim czasie wszystkie kogi Hoyera osiadły na mieliźnie. Teraz okręty duńskie podchodziły kolejno do abordażu.
Nadpływająca od południa eskadra Tidemanna dostrzegła, co się stało, ale zamiast przyjść kogom Hoyera z pomocą, zawróciła i uciekła na Bałtyk ostrzegając jedynie statki konwoju południowego, że droga przez Sund jest zamknięta. Statki tego konwoju skierowały się do hanzeatyckich portów na Bałtyku.
Tymczasem załogi statków konwoju północnego, pewne, że flota duńsko-szwedzka została rozbita, bądź przynajmniej zablokowana pod Kopenhagą, spokojnie skierowały swe jednostki w głąb cieśniny, gdzie zostały otoczone przez flotę Eryka VII.