Historia Betlejem jest ośrodkiem palestyńskich chrześcijan jak i miejscem pielgrzymek. Według ewangelii Mateusza i Łukasza, Betlejem to miejsce narodzenia Jezusa Chrystusa.
Pierwotnie Betlejem nazywano Efrata, nazwę tę zawiera Księga Rodzaju. Pochodzili stamtąd Elimelek i jego żona Noemi oraz ich synowie, a także Booz z Księgi Rut. Nazywane było również Betlejem Efrata, a także Betlejem Judzkie – dla odróżnienia drugiej miejscowości o tej samej nazwie, Betlejem w Galilei.
Według Ewangelii Mateusza po narodzinach Jezusa (5/4 p.n.e.) na rozkaz króla Heroda zamordowani zostali wszyscy chłopcy w Betlejem mający do dwóch lat. W II wieku wspomniał o tym Justyn Męczennik. Jeżeli tzw. rzeź niewiniątek w ogóle się wydarzyła, realna liczba zabitych wynosiła około dwudziestu dzieci.
W latach 132–135 Grotę Narodzenia obudowano rzymską świątynią Adonisa. Bazylika Narodzenia Pańskiego została zbudowana w 326 roku za panowania Konstantyna Wielkiego, dzięki fundacji św. Heleny, zniszczona w 529 przez Samarytan, w 550 roku została przebudowana za panowania Justyniana I Wielkiego.