W 614 roku do Betlejem weszli Persowie, a w 637 kalif Umar ibn al-Chattab, który obok kościoła wybudował meczet. W 1099 roku Betlejem zajęli krzyżowcy, z bazyliki usunięto greckich duchownych, miasto otoczono murem, a w XII wieku bazylika została rozbudowana przez krzyżowców. Pod nią znajduje się Grota Narodzenia. W latach 1187–1229 miasto ponownie znalazło się w rękach muzułmanów, w 1250 zburzono mury miejskie. Grota Narodzenia przeszła pod wspólną kontrolę prawosławnych, katolików i Ormian, a współcześnie pod kontrolę prawosławnej cerkwi greckiej i kościoła katolickiego.
W 1948 Betlejem włączono do Jordanii, w 1967 miasto zajęły wojska Izraela, w 1973 założono niepubliczny katolicki Uniwersytet Betlejem.
Podczas pierwszej Intifady palestyńscy rebelianci 19 września 1989 ostrzelali z broni maszynowej autobus z niemieckimi turystami, raniąc 3 osoby, zaś dwa dni później obrzucili kamieniami inny autobus z niemieckimi turystami raniąc 2 osoby. 9 grudnia 1990 wrzucili bombę do miejscowego posterunku wojskowego, przez co zginął 1 izraelski żołnierz, a 20 osób zostało rannych.