Departament wypełnia również zadania głównego księgowego Agencji.
Departament Ochrony Radiologicznej Departament Ochrony Radiologicznej odpowiada za realizację zadań Prezesa w zakresie ochrony radiologicznej. Departament zajmuje się między innymi przyjmowaniem zgłoszeń i przygotowywaniem zezwoleń dotyczących wykonywania działalności związanej z narażeniem na promieniowanie jonizujące, takich jak: wytwarzanie, przetwarzanie, przechowywanie, składowanie, transport lub stosowane materiałów jądrowych, źródeł i odpadów promieniotwórczych oraz obrót nimi, a także wzbogacanie izotopowe, produkowanie, instalowanie, stosowanie i obsługa urządzeń zawierających źródła promieniotwórcze oraz obrót tymi urządzeniami, uruchamianie i stosowanie urządzeń wytwarzających promieniowanie jonizujące, uruchamianie pracowni, w których mają być stosowane źródła promieniowania jonizującego, w tym pracowni rentgenowskich, zamierzone dodawanie substancji promieniotwórczych w procesie produkcyjnym wyrobów powszechnego użytku i wyrobów medycznych, obrót tymi wyrobami oraz przywóz na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej i wywóz z tego terytorium tych wyrobów. zamierzone podawanie substancji promieniotwórczych ludziom i zwierzętom w celu diagnostyki, leczenia lub badań naukowych.