Ponadto departament przeprowadza kontrole w jednostkach wykonujących taką działalność. Departament odpowiada również za przygotowanie decyzji o nadaniu uprawnień do zajmowania stanowisk istotnych z punktu widzenia bezpieczeństwa jądrowego i ochrony radiologicznej oraz uprawnień inspektorów ochrony radiologicznej.
Departament Prawny Departament Prawny odpowiada za obsługę prawną Prezesa i Agencji.
Biuro Dyrektora Generalnego Biuro Dyrektora Generalnego odpowiada za realizację zadań dyrektora generalnego. Biuro odpowiada m.in. za sprawy kadrowe PAA, nadzór nad przestrzeganiem przepisów BHP, koordynację udzielania zamówień publicznych czy utrzymanie systemów teleinformatycznych w agencji.
Współpraca międzynarodowa Zgodnie z Ustawą – Prawo atomowe jednym z obowiązków Prezesa Państwowej Agencji Atomistyki jest współpraca z właściwymi jednostkami innych państw i organizacjami międzynarodowymi w zakresie bezpieczeństwa jądrowego i ochrony radiologicznej. PAA współpracuje z równoważnymi organami innych krajów oraz organizacjami międzynarodowymi w celu wymiany doświadczeń i pozyskiwania kompetencji do prowadzenia działań w kraju. Podstawą dla współpracy są zarówno przepisy prawa międzynarodowego i członkostwo w organizacjach międzynarodowych, jak i umowy dwustronne.