Topografia Wyspy Kerguelena to skaliste, górzyste wyspy – najwyższym szczytem jest wulkan, Góra Rossa, sięgający 1850 m n.p.m. W czasach historycznych nie stwierdzono aktywności wulkanicznej, ale istnieją aktywne fumarole, a na wyspach częste są trzęsienia ziemi. W centrum Wyspy Kerguelena znajduje się duży lodowiec, Glacier Cook, o powierzchni około 400 km². Wyspy pokrywają liczne strumienie z wodospadami, występują na nich jeziora i gorące źródła. Główna wyspa ma postrzępioną linię brzegową długości 2800 km, poprzecinaną fiordami i obfitującą w półwyspy.
Budowa geologiczna thumb|left|Uproszczona mapa geologiczna wysp Kerguelena Wyspy Kerguelena leżą na tektonicznej płycie antarktycznej. Są wyniesioną ponad poziom morza częścią Wyniesienia Kergueleńskiego o powierzchni około 2,2 mln km². Ich powstanie wiąże się z istniejącą tam plamą gorąca by Roland Shlich (Research Manager at the CNRS).