thumb|left|Góra Rossa, najwyższa góra archipelagu. Wyspy utworzone są głównie ze skał wulkanicznych powstałych około 35 mln lat temu. Zbudowane są z potoków zastygłej lawy bazaltowej, każdy o grubości od 3 do 10 m, leżących jeden na drugim. Grubość całego kompleksu dochodzi do 1200 m. Formy wulkaniczne mają postać schodów lub piramid. Rzadziej występują stratowulkany typu Stromboli, jak Góra Rossa, oraz partie opisywane jako "kompleksy wulkaniczno-plutoniczne", np. na półwyspie Rallier du Baty. Całe wyspy poprzecinane są licznymi żyłami zbudowanymi z trachitów, trachyfonolitów i fonolitów. W czasach historycznych nie zaobserwowano żadnej działalności wulkanicznej, ale w południowo-zachodniej części Wyspy Kerguelena czynne są fumarole.
Częściowe zlodowacenie wysp i spowodowana nim erozja lodowcowa wytworzyła obniżenia (depresje) oraz głębokie doliny w północnej i wschodniej części archipelagu. W wyniku zalania ujść dolin przez morze powstały fiordy. Erozja, a następnie depozycja materiału niesionego przez lodowce wytworzyły kompleksy konglomeratów (tillitów), m.in. na półwyspie Courbeta (fr. Péninsule Courbet) na Wyspie Kerguelena.