Wyspy Kerguelena są częścią mikrokontynentu noszącego nazwę Wyniesienia KergueleńskiegoUT Austin scientist plays major role in study of underwater "micro-continent". Retrieved on 2007-06-29. W okresie pomiędzy 100 mln lat a 20 mln lat temu trzykrotnie wynurzał się on ponad powierzchnię morza. Zachowały się m.in. skamieniałości tropikalnej fauny i flory sprzed 50 mln lat. Został zatopiony ostatecznie około 20 mln lat temu. Obecnie znajduje się kilometr do dwóch pod powierzchnią oceanu. Skały osadowe Wyniesienia Kergueleńskiego przypominają te, które znajdują się na obszarze Australii i Indii, co wskazuje na ich wspólną historię. Geolodzy studiując budowę Wyniesienia mają nadzieję wyjaśnić w jaki sposób rozpadł się superkontynent Gondwana, obejmujący m.in. Australię, Antarktydę i IndieSci/Tech 'Lost continent' discovered Retrieved on 2007-06-29.
Klimat Na wyspach panuje klimat subpolarny, z maksymalnymi temperaturami dochodzącymi latem (grudzień-marzec) do 15 °C. Najwyższa zanotowana temperatura niewiele przekroczyła 20 °C. Wieją tam stale silne wiatry zachodnie (tzw.