Miejscem szczególnej kaźni było Nazaret, które od 630 roku przestało być żydowską osadą.
W 637 roku Palestyna została podbita przez Arabów. Następnie I wyprawa krzyżowa rozpoczęła długą epokę konfliktu chrześcijańsko-muzułmańskiego. W tym czasie wioska Nazaret często przechodziła z rąk do rąk, ponosząc przy tym znaczne straty w ludności. W 1099 roku jeden z rycerzy, Tankred, otrzymał tytuł księcia Galilei. Stolicę swojego księstwa ulokował on w Nazarecie, do którego przeniesiono także diecezję z Beisan tworząc archidiecezję nazaretańską. W 1187 roku muzułmanie ponownie przejęli panowanie nad Nazaretem, aby w 1229 roku utracić je i ponownie odzyskać w 1263 roku. Sułtan Bajbars dokonał wówczas zniszczenia wszystkich chrześcijańskich budynków i wygnał z miasteczka całą ludność chrześcijańską. Na ich powrót zezwolił w 1620 roku druzyjski książę Fachr ad-Din II. Wtedy franciszkanie otrzymali w darze ruiny katedry krzyżowców. W 1730 roku wzniesiono nową świątynię, którą zburzono w 1955 roku i zastąpiono nowoczesną bazyliką pod wezwaniem Zwiastowania Pańskiego (1959 r., według projektu Giovanniego Muzio). W 1799 roku miasto zajęły wojska Napoleona Bonaparte podczas jego kampanii syryjskiej. Napoleon odwiedził święte miejsca w mieście. Za rządów Ibrahima Paszy miasto było otwarte dla europejskich pielgrzymów i misjonarzy.