Do Polski wrócił w 1885 r., a dwa lata później po ponownym otworzeniu Seminarium został jego regensem.

Kapituła chełmińska 22 grudnia 1898 roku przegłosowała jego wybór na ordynariusza. 9 lipca 1899 przyjął sakrę biskupią. Wkrótce po konsekracji uchodził wśród władz pruskich za niegodnego zaufania w sprawach politycznych (politisch unzuverlässig). Znacznie rozwinął sieć placówek duszpasterskich w diecezji, umożliwiał nauczanie religii w języku polskim. Dzięki jego staraniom powołano po prawie ćwierćwiecznej przerwie, w 1905 nowego sufragana – Jana Antoniego Trepnaua, który zmarł niedługo po konsekracji. W 1907 r. na nowego sufragana wybrano ks. Jakuba Klundera.

W okresie międzywojennym wielu kapłanów zostało przez niego wysłanych na front w roli kapelanów. Zarówno do aktu 5 listopada jak i postanowień traktatu wersalskiego podchodził ze stoickim spokojem, twierdząc, że to rozwiązania tymczasowe. Wstrzymywał się z radykalnymi zmianami języka wykładowego w Seminarium oraz reorganizacją granic diecezji np. odmówił odłączenia swoich zachodnich dekanatów do niemieckiej prałatury w Tucznie, śladem metropolity poznańsko-gnieźnieńskiego kard. Edmunda Dalbora. Wobec zmian miał zająć „katolickie” stanowisko. Dopiero w lutym 1920 r.