Miasto Gdynia przy współudziale instytucji państwowych wykupiło większość akcji postawionej w stan likwidacji spółki, uchylając tym samym decyzję o likwidacji zakładu.
Warsztaty Ledkego zostały natomiast przejęte przez Morski Instytut Rybacki, który to przekształcił je w 1938 roku w „Stocznię Rybacką spółkę z o.o.”. Stocznia Rybacka zatrudniała w sektorze budowniczo-remontowym 120 osób i do wybuchu II wojny światowej wybudowała około 30 kutrów rybackich, przeprowadzając również remonty okrętów Marynarki Wojennej.
Podczas okupacji niemieckiej była wykorzystywana jako baza remontowo-warsztatowa niemieckiej Kriegsmarine. Infrastruktura Stoczni uległa zniszczeniu w zakresie 95%.
Po II wojnie światowej „Stocznia Rybacka” i zakład „Remontowej Obsługi Statków” G-A-L-u utworzyły w dniu 2 grudnia 1952 roku przedsiębiorstwo państwowe o nazwie „Gdyńska Stocznia Remontowa”. Nową stocznię wyposażono w dok pływający i pochylnię. W późniejszych latach zakupiono jeszcze dwa doki pływające i zaadaptowano dla celów stoczniowych „Nabrzeże Śląskie” z dodatkową infrastrukturą dźwigową. Stocznia rozpoczęła produkcję małych jednostek rybackich, holowników, pogłębiarki, statków pożarniczych, statków ratowniczych i rzecznych lodołamaczy. Od roku 1976 zakład nosi ponownie nazwę „Nauta”. W latach 90 XX w. Stocznia została poddana restrukturyzacji.