Jednym z najbardziej znanych osiągnięć komandora jest też odkrycie i penetracja starożytnego statku greckiego do przewozu wina, spoczywającego na głębokości 40 m niedaleko Marsylii.
Film dokumentalny Świat milczenia (1956), zrealizowany wspólnie z Louisem Malle'em, przyniósł mu Złotą Palmę na 9. MFF w Cannes, a rok później także Oscara. W sumie odbierał tę nagrodę trzy razy (również za filmy: Złota rybka i Świat bez słońca). Jego dokumenty zdobyły w Stanach Zjednoczonych łącznie 40 nominacji do prestiżowych nagród Emmy.
W 1963, wspólnie z Jeanem de Woutersem, opracował podwodny aparat fotograficzny o nazwie „Calypso-Phot”, na który licencję sprzedał później firmie Nikon. W tym samym roku został uhonorowany Złotym Medalem Królewskiego Towarzystwa Geograficznego (Founder's Medal).
Razem z Jeanem Mollardem zbudował miniaturową łódź podwodną SP-350, za pomocą której mógł się zanurzyć na głębokość 350 m. W 1965 zdołał osiągnąć głębokość 500 m.
Cousteau został dyrektorem muzeum oceanograficznego w Monako, po czym utworzył podmorską grupę badawczą w Tulonie i był kierownikiem Conshelf Saturation Dive Program, długoterminowego eksperymentu polegającego na zbudowaniu załogowej kolonii podmorskiej.