Był też pierwszym cudzoziemcem, któremu przyznano członkostwo Amerykańskiej Akademii Nauk.
Gdy w lipcu 1960 EURATOM zamierzał zrzucić do wody znaczne ilości odpadów radioaktywnych, Cousteau zorganizował publiczną kampanię, która zyskała duże poparcie społeczne. Pociąg wiozący odpady został zatrzymany przez grupę kobiet i dzieci siedzących na torach i zawrócony do miejsca wyjazdu. Francuski badacz był zdecydowanym przeciwnikiem eksperymentów nuklearnych, czemu dał wyraz w trakcie wizyty prezydenta Charles’a de Gaulle’a w Monako.
W 1974 powstało Towarzystwo Cousteau, mające się zajmować ochroną życia w oceanach. Obecnie liczy ono ok. 300 tys. członków. W 1975 odkrył wrak statku „Britannic”. W 1977 Cousteau otrzymał wspólnie z Peterem Scottem nagrodę ONZ za wkład w ochronę środowiska, a kilka lat później prezydent Stanów Zjednoczonych, Jimmy Carter przyznał mu Medal Wolności. W 1992 został zaproszony na konferencję ONZ na temat ochrony środowiska i rozwoju, a potem został stałym konsultantem ONZ i Banku Światowego.