Nowością wśród gier FPS jest zastosowana w Prey możliwość oddzielenia duszy od ciała bohatera i pokierowania nią. Ciało bohatera jest narażone wówczas na ataki wrogów, a do martwej materii powrócić nie można. Jednak dusza może przełączać dźwignie itp. normalnie niedostępne dla gracza, np. zabezpieczone polem siłowym. Dodatkowo duch nie może zginąć. Innym oryginalnym zastosowaniem jest nieśmiertelność bohatera. Po "śmierci" w świecie wiecznie żywych gracz strzela do astralnych ptaków, których zabicie regeneruje pasek zdrowia. Po chwili gracz wraca do tego samego miejsca, w którym zginął.
W grze występuje siedem rodzajów broni o specyficznych właściwościach. Np. karabin można użyć w trybie alternatywnym jako snajperkę. Pająki wyłapywane w zakątkach statku posiadają nóżki wybuchające niczym granaty. Wystarczy oderwać pająkowi jedną z nóżek, odrzucić i odczekać, aż wybuchnie. Innym przykładem jest karabin wielofunkcyjny, do którego amunicję się pobiera ze specjalnych urządzeń na ścianach. Trzy z czterech rodzajów broni działają jak te używane w Quake'u.