Teonim ten ma pochodzić od rdzenia *per- ‘bić’ lub od rdzenia *perkʷ- ‘dąb’, a sam teonim miał później w różnych językach dostać różne rozszerzenia. W związku z tym teonim można dosłownie przetłumaczyć jako ‘Uderzacz’ albo ‘Władca Dębów’.
Językoznawcy podważają jednak związek etymologiczny między Perunem a Perkūnem. Przeciwko pokrewieństwu przemawiają różnice w fonetyce i budowie. Słowiańska forma, gdyby odpowiadała bałtyjskiej, brzmiałaby (dałoby to polskie **Przekin): bałtyjskie ū regularnie odpowiada słowiańskiemu y ( słow. < prabsł. ), słowo słowiańskie słowo nie ma elementu -k-. Aleksander Brückner próbował rozwiązać ten problem sugerując pierwotne że przeszło w pod wpływem czasownika , a wymiena y > u zaszła pod wpływem rzeczowników typu , a według Václava Blažka pod wpływem przymiotnika . Norbert Ostrowski takie rozwiązanie jako trudne do udowodnienia;