t. 2, s. 278, il. XVI., z kolei wg badań Ewy Lorentz projektantem kościoła był wenecki architekt Andrea dell’ AquaEwa Lorentz, Dziedzictwo Franciszkanów Konwentualnych w Zamościu. Architektura – Sztuka – Historia (Zamość:Parafia Rzymskokatolicka pw. Zwiastowania NMP OO. Franciszkanów Konwentualnych w Zamościu, 2016)., a szczytów Jan Michał Link i Jan Ignacy Delamars.
Ukończony w roku 1685 kościół był wyższy i większy niż pozostałe świątynie w mieście (większy nawet niż ówczesna zamojska kolegiata). Składał się z trzech naw, półkolistego prezbiterium oraz dwóch bocznych kaplic. Wnętrze tego kościoła ozdobione było bogatszą polichromią i rzeźbami. Wysoki dach świątyni sięgał również o wiele wyżej i wyglądał podobnie jak dach dzisiejszej katedry w Zamościu. W miejscu obecnego placu Wolności wybudowany został także klasztor franciszkanów, a w jego północno-zachodnim rogu wznosiła się dzwonnica.
Okres zaborów Największe zmiany zaszły w okresie zaborów i to już w roku 1774, po zajęciu miasta przez Austrię, kiedy dokonano kasaty zakonu. Podczas modernizacji w tym czasie zamojskiej twierdzy, już pod panowaniem Rosji, budynek kościoła przeznaczono na magazyn wojskowy przeprowadzając także zmiany w jego wnętrzu (m.in.