dokonano podziału na kondygnacje), natomiast dzwonnica została rozebrana, nieco później razem z klasztorem.
Istotne zmiany w zewnętrznym wyglądzie nastąpiły w roku 1887, kiedy to obniżono dach, rozebrano wysokie szczyty, jednocześnie sklepienie wewnątrz kościoła zmieniono w prosty strop (zachowały się jedynie sklepienia bocznych naw).
XX i XXI wiek W okresie międzywojennym budynek kościoła wykorzystywano pod liczne instytucje, m.in. Sejmik Powiatowy, muzeum czy kino „Stylowy”, jakie mieściło się tu do roku 1994. Po II wojnie światowej, w zachodniej części budynku kościoła ulokowano dodatkowo Liceum Plastyczne wraz z warsztatami w piwnicach. Taki stan rzecz trwał do 2006 roku, kiedy to Liceum przeprowadziło się do funkcjonalnej, nowej siedziby.
Od roku 1993 jest to ponownie kościół parafii ojców Franciszkanów, obejmującej osiedla na południe od Starego Miasta, jakie do tego czasu podlegały parafii św. Mikołaja (m.in. Os. Promyk, Os. Zamczysko), z głównym wejściem, do którego prowadzi szeroki pas schodów od strony wschodniej.