Jeszcze w latach 80. minionego stulecia dokonano odnowy elewacji świątynnej, na której można zauważyć barokowe elementy ozdoby (m.in. korynckie, pilastry czy portal fasady kościoła). Latem 2006 roku przeprowadzono pierwszy etap prac wyburzeniowo-remontowych, usuwając m.in. „piętra” wewnątrz świątyni, jakie wybudowano w przeszłości adaptując budynek do roli muzeum, kina czy szkoły. Kolejne remonty prowadzone są etapami.
W 2017 r. parafia uzyskała dofinansowanie na projekt, którego celem jest przywrócenie historycznej formy świątyni oraz zagospodarowanie pobliskiego skweruRewitalizacja największego XVII-wiecznego barokowego kościoła oo. Franciszkanów w Polsce – Zamość..
W ramach prac odtworzeniowych pierwotny wygląd kościoła wykonano szereg prac nie tylko budowlanych, ale także konstrukcyjnych, w tymStaje się takim, jakim był w XVII w., „Inżynier Budownictwa” 4/2020, , s.