Historia Uniwersytet został założony 26 kwietnia 1506 przez księcia elektora brandenburskiego Joachima I. Organizatorem uczelni (od 1505) i pierwszym Rektorem (od 1506) został teolog (katolicki) Konrad Wimpina. Studiowało w niej wtedy 900 studentów z Niemiec, Śląska, Polski, Szwecji, Norwegii oraz Danii. W tym samym czasie Frankfurt miał tylko 5000 mieszkańców. Rozkazem gabinetowym pruskiego króla Fryderyka Wilhelma III z 24 kwietnia 1811 Viadrina została przeniesiona do Wrocławia, tworząc w połączeniu z tamtejszą Akademią Leopoldyńską (Leopoldina) dzisiejszy Uniwersytet Wrocławski.
Główny zasób archiwum (w tym rejestry uniwersyteckie), bibliotekę i wyposażenie frankfurckiej Viadriny przewieziono do Wrocławia. Część starszych archiwaliów w 1811 przekazano do pruskiego Tajnego Archiwum (niem. Geheime Staatsarchiv). Tam też trafiły, przeniesione z Wrocławia w 1873, akta gospodarcze uniwersytetu z XVI–XIX w. Kolejny, duży przekaz akt wrocławskich miał miejsce w 1968, w efekcie czego w Brandenburgisches Landeshauptarchiv w Poczdamie przechowywane są obecnie spore zasoby archiwaliów Viadriny, w tym rejestry uniwersyteckie z lat 1506–1648.