W ten sposób na kadłubach trzech Jak-50 i dwóch An-2 należących do paramilitarnej organizacji SKAT, pojawiły się podwójne krzyże, historyczny znak rozpoznawczy wojskowego lotnictwa Litwy. Prawdziwe siły powietrzne zaczęto organizować od podstaw, ich dowódcą został pułkownik Zenonas Vegelevičius. 2 stycznia 1992 roku została powołana Służba Lotnicza, przekształcona 1 marca 1993 roku w Siły Powietrzne. Pierwszą bazę wojskową zorganizowano w Barysiai, gdzie stacjonowały 24 lekkie samoloty transportowe An-2, które w całości przeszły pod wojskową komendę. 12 czerwca 1992 roku w powietrze wzbił się pierwszy samolot Litewskich Sił Powietrznych – był to mielecki An-2. Właściwe szkolenie pilotów wojskowych rozpoczęło się 18 czerwca i od tamtej pory dzień ten obchodzony jest jako święto lotnictwa wojskowego na Litwie. W 1992 roku w Moskwie podczas targów lotniczych zastępca dowódcy lotnictwa, pułkownik Stasys Murza spotkał się ze swoim instruktorem lotniczym, który obecnie pełnił funkcję zastępcy komendanta szkoły lotniczej w Biszkeku w Kirgistanie. Podczas rozmowy Litwin dowiedział się, że Kirgistan chce pozbyć się wielu zbędnych samolotów, wśród nich były cztery dwunastoletnie szkolno-bojowe Aero L-39 Albatros. Zawarto umowę, która następnie uzyskała akceptację rządów obu państw.