Do Kirgistanu pojechali litewscy piloci, których zadaniem było przeprowadzenie samolotów do kraju. W walizkach wieźli gotówkę w rublach wartą 25 000 dolarów amerykańskich, bo tyle mieli zapłacić za wszystkie cztery maszyny. Powrót do domu trwał trzy miesiące. Rosja, niezadowolona z poczynań swojego nowego sąsiada, utrudniała przelot nad swoim terytorium, żądając w zamian ogromnych kwot. Dopiero interwencja rządowa sprawiła, że 6 lutego 1993 roku w Kownie wylądowały pierwsze litewskie samoloty odrzutowe L-39C, które stały się podstawowymi samolotami nowo powstałej 11 Eskadry Myśliwskiej.
W 1993 roku Niemcy podarowały Litwie dwa L-410UVP Turbolet, pozostałe po NRD. W tym roku zakupiono trzy nowe rosyjskie śmigłowce Mi-8MTW-1, po czym w 1999 roku lotnictwo otrzymało osiem skonfiskowanych śmigłowców Mi-8T. W 1996 Polska przekazała pięć używanych śmigłowców Mi-2. W 1998 w Czechach zakupiono dwa nowe szkolno-bojowe L-39ZA Albatros, przeznaczone do szkolenia i ochrony granic. W 2005 roku Litwa zamówiła trzy samoloty transportowe Alenia C-27J Spartan, wartość umowy wyniosła 75 mln Euro. Pierwszy samolot wszedł do służby w 2006, drugi w 2008, a ostatni w 2009Ostatni, litewski Spartan.. Samoloty ochrzczono Gediminas, Algirdas i Vytautas. Zastąpiły trzy radzieckie An-26. W 2013 roku Litwini zamówili trzy śmigłowce Eurocopter Dauphin.