Po wyborach w 2001 r. został ministrem stanu w ministerstwie spraw wewnętrznych. Ustąpił z tego stanowiska w marcu 2003 r., po rozpoczęciu wspieranej przez rząd Blaira amerykańskiej interwencji w Iraku, wobec której był sceptyczny. Dalej zajmował się jednak sprawami wewnętrznymi jako przewodniczący komisji Izby Gmin, którym został w lipcu 2003 r. Spędził w tej roli cztery lata, często zajmując dość krytyczne stanowisko wobec decyzji pochodzącego z jego partii premiera. Gdy nowy szef rządu Gordon Brown w jednej ze swoich pierwszych decyzji postanowił zmienić strukturę ministerstw odpowiedzialnych za kwestie nauki i edukacji, Denhamowi powierzył nowy resort innowacji, uniwersytetów i zdolności, będący odpowiednikiem działających w innych krajach ministerstw nauki. 5 czerwca 2009 r. objął tekę ministra społeczności i samorządów lokalnych. Pozostawał na tym stanowisku do przegranych wyborów w 2010 r.
Jest ojcem trojga dzieci: dwojga z zakończonego rozwodem małżeństwa z Ruth Eleanor Dixon. i jednego z późniejszego, nieformalnego związku.