W tym samym roku w wyborach europejskich partia uzyskała 6,34%, co dało jej 4 mandaty w Parlamencie Europejskim. Po objęciu jednego z nich przez Janusza Wojciechowskiego wicemarszałkiem Sejmu z ramienia PSL został Józef Zych. W 2005 prezesem ugrupowania został Waldemar Pawlak. W wyborach parlamentarnych w tym samym roku PSL otrzymało 6,96% głosów, uzyskując 25 mandatów poselskich i 2 senatorskie. Z list ugrupowania startowali m.in. kandydaci Ruchu Autonomii Śląska. Partia ponownie znalazła się w opozycji wobec rządu, a Jarosław Kalinowski został wicemarszałkiem Sejmu. W 2006 z PSL odeszło 3 z 4 eurodeputowanych i założyło PSL „Piast”.
W wyborach samorządowych w 2006 ludowcy otrzymali 4840 mandatów radnych w skali kraju (najwięcej spośród wszystkich komitetów). PSL uzyskało w gminach 3890 mandatów, w powiatach 867, a w sejmikach wojewódzkich 83. Listy wyborcze blokowało głównie z Platformą Obywatelską.