miejsce spośród 12 kandydatów.
Koalicja SLD-PSL-UP (2001–2003) W wyborach parlamentarnych w 2001 partia uzyskała 8,98% głosów, co dało jej 42 mandaty poselskie i 4 senatorskie (hasłem wyborczym było „Blisko ludzkich spraw”). Po raz drugi weszła w koalicję rządową z SLD, obejmując stanowisko wicepremiera z ministerstwem rolnictwa i rozwoju wsi (otrzymał je Jarosław Kalinowski), ministerstwo środowiska (otrzymał je Stanisław Żelichowski) i stanowisko wicemarszałka Sejmu (otrzymał je Janusz Wojciechowski).
W wyborach samorządowych w 2002 partia uzyskała 4986 mandatów (10,65% wszystkich w Polsce). Z PSL związanych było 275 z 1569 wójtów i 58 z 773 burmistrzów. PSL współrządziło w wielu sejmikach wojewódzkich – w jednych z SLD, w innych (np. na Mazowszu) z opozycją wobec ówczesnego rządu.
W opozycji (2003–2007) W 2003 partia została usunięta przez premiera Leszka Millera z koalicji rządowej za głosowanie przeciwko jednemu z rządowych projektów. Od tego czasu pozostawało w opozycji do rządu SLD-UP, zbliżając się do ugrupowań prawicowych. Od stycznia do kwietnia 2004 PSL współtworzyło federacyjny klub poselski z Polskim Blokiem Ludowym. 16 marca 2004 Jarosław Kalinowski ustąpił z funkcji prezesa partii, stając na czele Rady Naczelnej. Nowym prezesem został Janusz Wojciechowski.