III Rzeczpospolita thumb|200px|Logo PSL do maja 2016 Przedostatni prezes ZSL Roman Malinowski, po wyborach parlamentarnych w 1989 i niepowodzeniu misji utworzenia rządu przez Czesława Kiszczaka, zawarł z Lechem Wałęsą porozumienie, które odebrało większość w Sejmie PZPR i umożliwiło powstanie rządu Tadeusza Mazowieckiego. Marszałkiem Sejmu był wówczas ludowiec Mikołaj Kozakiewicz (pełnił tę funkcję w latach 1989–1991)..
5 maja 1990 (na Kongresie Jedności PSL) partia PSL „Odrodzenie” (będąca kontynuacją ZSL) oraz powstałe w 1989 wilanowskie PSL połączyły się, tworząc PSL. Początkowo wpływowe stanowiska w partii zajęli członkowie NSZZ RI „Solidarność”, w tym Roman Bartoszcze, który został pierwszym prezesem PSL. Na czele Rady Naczelnej stanął Roman Jagieliński. W pierwszych wolnych wyborach prezydenckich Roman Bartoszcze został kandydatem partii na prezydenta. Zdobył 1 176 175 głosów (7,15%), co dało mu przedostatnie, 5. miejsce. Po dymisji premiera Tadeusza Mazowieckiego PSL nie weszło w skład nowego rządu, na czele którego stanął Jan Krzysztof Bielecki z Kongresu Liberalno-Demokratycznego.