W połowie 1991 władzę w PSL przejęła grupa młodych działaczy wywodzących się ze Związku Młodzieży Wiejskiej, na czele z Waldemarem Pawlakiem, który został nowym prezesem partii. Stało się to 29 czerwca, w czasie nadzwyczajnego kongresu Stronnictwa, na którym przyjęto też statut, program i deklarację ideową partii. Przewodniczącym Rady Naczelnej został Józef Zych. Jesienią tego samego roku w pierwszych w pełni wolnych wyborach parlamentarnych utworzony przez PSL komitet wyborczy „PSL Sojusz Programowy” zdobył 8,67% głosów, co dało 48 mandatów poselskich. Wicemarszałkiem Sejmu z ramienia PSL został Józef Zych. Początkowo partia nie udzieliła poparcia rządowi Jana Olszewskiego (klub wstrzymał się od głosu), natomiast po jego powołaniu umiarkowanie go wspierała. 5 czerwca 1992 przy głosowaniu nad wotum nieufności dla rządu PSL poparło jednak ten wniosek. Następcą Jana Olszewskiego na stanowisku premiera został Waldemar Pawlak (poparty przez koalicję UD-SLD-PSL-KPN-KLD-PPG), któremu nie udało się sformować rządu, a PSL znalazło się ponownie w opozycji. W listopadzie tego samego roku odbył się III kongres partii.