W opozycji (1997–2001) W wyborach parlamentarnych w 1997 PSL uzyskało 7,3% głosów i 27 mandatów poselskich oraz 3 senatorskie. Stosunkowo słaby wynik spowodował ustąpienie Waldemara Pawlaka i przejście partii do opozycji. 11 października 1997 na posiedzeniu Rady Naczelnej PSL na jego następcę wybrano Jarosława Kalinowskiego. Na stanowisku przewodniczącego RN Józefa Zycha zastąpił Alfred Domagalski. 20 października 1997 Franciszek Jerzy Stefaniuk został z ramienia PSL wicemarszałkiem Sejmu. W wyborach samorządowych w 1998 PSL uczestniczyło, wraz z Unią Pracy i Krajową Partią Emerytów i Rencistów, w ramach koalicji Przymierze Społeczne (pod hasłem „Nie traćcie wiary w lepszą przyszłość Polski”) zdobyło 4583 mandaty radnych, w tym 3153 do rad gmin, 1341 do rad powiatów i 89 do sejmików wojewódzkich. W dniach 24–25 marca 2000 odbył się VII Kongres PSL pod hasłem „Czas, by państwo służyło ludziom”, w którym uczestniczyło 703 delegatów. Kongres przyjął nowy program partii. Jarosław Kalinowski ponownie został wybrany na prezesa. W nowym składzie Rady Naczelnej przewodniczącym został Franciszek Jerzy Stefaniuk. W maju tego samego roku Jarosław Kalinowski został kandydatem na prezydenta RP. W wyborach prezydenckich otrzymał 269 316 wyborców (5,9%), co dało mu 5.