W 1795 roku miasto zajęli Prusacy, włączając je do prowincji Prusy Nowowschodnie. Od roku 1807 do 1815 Augustów należał do Księstwa Warszawskiego. W latach 1807 i 1812 przez miasto przechodziły wojska napoleońskie, zaś podczas odwrotu Wielkiej Armii spod Moskwy w Augustowie jeden dzień spędził Bonaparte.
Po Kongresie wiedeńskim (1815) Augustów znalazł się w granicach Królestwa Polskiego (Kongresowego) i stał się stolicą nowo utworzonego województwa augustowskiego (od 1837 guberni augustowskiej). Z braku odpowiednich budynków urzędy tymczasowo umieszczono w Suwałkach, ale pozostały tam na zawsze. Projekty rozbudowy Augustowa w stylu klasycystycznym opracował Henryk Marconi. Wybudowano jednak tylko w 1829 budynek poczty. W roku 1825 pod kierunkiem Ignacego Prądzyńskiego rozpoczęto budowę Kanału Augustowskiego, zaś samo miasto miało stać się centralnym punktem tego ważnego dla Królestwa Polskiego przedsięwzięcia gospodarczego.