Miasto zostało odbudowane dzięki królowi Janowi Kazimierzowi.
W czasie trzeciej wojny północnej (1700–1721) w Augustowie stacjonowały w różnym czasie wojska polskie, szwedzkie, rosyjskie, saskie i brandenburskie. Wojska, oprócz zniszczeń, przyniosły zarazę (1710–1711), która zdziesiątkowała miejscową ludność.
Ożywienie gospodarcze Augustowa nastąpiło w II poł. XVIII w., kiedy to podskarbi nadworny litewski Antoni Tyzenhaus zaczął rozwijać na okolicznych terenach przemysł. Planował on też stworzyć w miejscowości Szczebra konkurencyjny dla Augustowa ośrodek. Jednak po zdymisjonowaniu Tyzenhausa jego zamierzenia gospodarcze nie zostały zrealizowane.
Do rozbiorów w Augustowie dominowała drewniana zabudowa i w mieście nie zachowały się zabytki z tamtych czasów.
Gmina żydowska powstała w Augustowie w 1674 r. lub według innych źródeł pod koniec XVIII w; zobacz stronę Żydowskiego Instytutu Historycznego poświęconą Augustowowi https://web.archive.org/web/20110916015841/http://www.jewishinstitute.org.pl/pl/gminy/miasto/50.html.
Zabory (1795–1914) thumb|150px|left|Ignacy Prądzyński, twórca Kanału Augustowskiego