Położenie obozu Pod obóz wybrano teren położony daleko od większych skupisk ludzkich, między wsiami: Stegna i Sztutowo. Usytuowany był u nasady Mierzei Wiślanej, na zachód od wsi Sztutowo (Stutthof), przy szosie Gdańsk – Sztutowo. Brukowa szosa łączyła Stutthof z Nowym Dworem Gdańskim (), a także z Gdańskiem poprzez przeprawę promową w Świbnie. Do wsi dochodziła również kolej wąskotorowa (obecnie ŻKD), która w Nowym Dworze Gdańskim łączyła się z koleją normalnotorową. Ponadto w Stutthofie znajdowała się przystań umożliwiająca kontakt z Gdańskiem i Elblągiem poprzez Zalew Wiślany i kanały.
Teren otoczony był ze wszystkich stron zbiornikami wodnymi: od zachodu Wisłą, od południa i wschodu: Zalewem Wiślanym wraz z siecią kanałów, od północy: Bałtykiem. Obszar obozu zewsząd otoczony był bagnami i torfowiskami, porośnięty gęstym sosnowym lasem, który skutecznie maskował właściwy charakter obozu.