Po ustawieniu baraków rozpoczęto budowę dróg, kanalizacji i wodociągów. Wybudowano dwie stacje pomp: jedną na północ, drugą na zachód od obozu. Na wschód od obozu powstała strzelnica, na której sprawdzano karabiny zreperowane przez więźniów. Równolegle z budową Nowego Obozu na zachód od Starego Obozu trwała budowa koszar dla załogi wartowniczej. W lecie 1942 przysłano do obozu piec krematoryjny opalany olejem. Ustawiono go po stronie wschodniej baraku szpitala.
mały|Budynek krematorium mały|Piece krematoryjne w KL Stutthof
W okresie od 2 września 1939 do końca 1944 obszar obozowy stale się powiększał, 2 września 1939 zajmował powierzchnię 0,5 ha, po wybudowaniu Starego Obozu już około 12 ha, a w grudniu 1944 osiągnął 120 haEwa Ferenc, Stutthof – hitlerowski obóz koncentracyjny, Interpress, Warszawa 1988..
Organizacja i struktura obozu Komendant obozu (Lagerkommandant) Komendant obozu używał tytułu: Lagerkommandant. Był on zwierzchnikiem całego obozu, a kierował nim przy pomocy adiutanta i jego biura. Komendantowi podlegała cała załoga i wszyscy więźniowie. Reprezentował władze obozu na zewnątrz. Służbowo podporządkowany był inspektorowi obozów koncentracyjnych. Podpisywał najważniejszą korespondencję wychodzącą z obozu, również tajną i poufną.