W przypadku wyjazdu służbowego lub urlopu dłuższego niż 24 godziny komendant, po uzyskaniu zgody Inspektoratu, rozkazem upoważniał innego oficera do zastępstwa. Komendant KL Stutthof stałego zastępcy nie posiadał.
Komendantami obozu byli: SS-Hauptsturmführer Max Pauly (2 września 1939 – 31 sierpnia 1942). Po przejęciu Stutthofu przez Inspektorat funkcję komendanta powierzono dotychczasowemu szefowi obozu, SS-Sturmbannführerowi Maxowi Pauly’emu. Pozostawał on na tym stanowisku do 31 sierpnia 1942, a następnie został przeniesiony na stanowisko komendanta obozu koncentracyjnego Neuengamme koło Hamburga, które sprawował do 1945. SS-Sturmbannführer Paul Werner Hoppe (wrzesień 1942 – maj 1945). Uchodził za doświadczonego oficera SS-Totenkopfverbände, bowiem od 1937 do 1941 był członkiem załogi obozu koncentracyjnego w Dachau. Funkcję komendanta Stutthof pełnił do maja 1945, mimo że 4 kwietnia tego roku wraz z większością załogi udał się drogą morską do KL Ravensbrück. W Stutthofie pozostał dowódca 3 kompanii wartowniczej SS-Hauptsturmführer Paul Ehle wraz z częścią załogi SS-mańskiej. Zadaniem jego było przeprowadzenie ewakuacji pozostałych jeszcze w obozie więźniów.