Obecnie cele Funduszu Kościelnego to m.in.: dotowanie lub całkowite finansowanie składek na ubezpieczenia społeczne i zdrowotne duchownych (całkowite dotyczy tylko misjonarzy i zakonnic klauzurowych) wspomaganie kościelnej działalności charytatywnej, wspomaganie kościelnej działalności oświatowo-wychowawczej i opiekuńczo-wychowawczej, a także inicjatyw związanych ze zwalczaniem patologii społecznych oraz współdziałania w tym zakresie organów administracji rządowej z Kościołami i innymi związkami wyznaniowymi, odbudowę, remonty i konserwację obiektów sakralnych o wartości zabytkowej.
+ Struktura wydatków Funduszu Kościelnego w latach 1990–2004199019911992199319941995199619971998199920002001200220032004(plan)Ubezpieczenia społeczne i zdrowotne duchownych8%43%36%38%46%59%57%64%80%81%87%92%85%85%86%Działalność charytatywno-opiekuńcza46%26%18%17%14%8%12%9%6%5%4%2%4%4%4%Działalność oświatowo-wychowawcza14%9%14%12%13%8%8%6%3%3%2%1%3%3%3%Remonty zabytkowych obiektów sakralnych32%26%32%34%26%24%23%21%11%11%7%5%8%8%7%