Sposób rozdziału środków Dotacje z Funduszu Kościelnego przyznawane są na wniosek osób prawnych Kościołów i innych związków wyznaniowych lub z inicjatywy własnej Zarządu Funduszu Kościelnego. Przy decydowaniu o przyznaniu dotacji Zarząd Funduszu korzysta z opinii przedstawicielstw, jakie przy Funduszu Kościelnym mogą tworzyć osoby prawne Kościołów i innych związków wyznaniowych oraz bezpośrednio władz kościelnych.
W pierwszym roku działalności (1951) Fundusz przekazywał środki na następujące cele: Odbudowa i konserwacja istniejących oraz budowa nowych obiektów sakralnych – 145.500 zł (Kościół prawosławny 60.000, Kościół Polskokatolicki 43.500, Kościół Ewangelicko-Augsburski 30.000 i Centralna Muzułmańska Gmina Wyznaniowa 12.000); Pomoc materialna dla wymienionych z nazwiska duchownych (prawosławnego i polskokatolickiego) – 12.000; „Dotacje na wydatki osobowe i administracyjno-materialne” – 520.000 (w tym 340.000 dla Kościoła prawosławnego i 180.000 dla polskokatolickiego); Dla Kościoła ewangelicko-augsburskiego „na reorganizację prasy i organizację kursu” – 60.000.